ولم تصدر تقارير عن إصابات أو أضرار في إسرائيل.
وذكر الجيش أنه شن ردا على ذلك هجوما على عدد من بطاريات الصواريخ في سوريا من بينها البطارية التي أطلقت الصاروخ الذي سقط في جنوب إسرائيل.
وقالت الوكالة العربية السورية للأنباء إن الدفاعات الجوية السورية تصدت للهجوم الإسرائيلي الذي استهدف مناطق في ضواحي دمشق.
وتابعت "تصدت وسائط دفاعنا الجوي لصواريخ العدوان وأسقطت معظمها".
لكنها أضافت أن أربعة جنود أصيبوا في الهجوم كما وقعت بعض الخسائر المادية.
وقال عسكري سوري منشق إن الضربات الإسرائيلية استهدفت مواقع قرب بلدة الضمير التي تقع على بعد حوالي 40 كيلومترا شمال شرقي دمشق.
واستهدفت إسرائيل المنطقة مرارا في هجمات سابقة.
وقال متحدث باسم الجيش الإسرائيلي إن الصاروخ السوري كان قد أُطلق باتجاه طائرات إسرائيلية خلال ضربة سابقة وإنه تجاوز هدفه ووصل إلى منطقة ديمونة.
وأضاف أن الصاروخ السوري الطائش كان من طراز إس.إيه-5 وإنه واحد من عدة صواريخ أُطلقت على طائرات الجيش الإسرائيلي. وأضاف أنه لم يصب المفاعل وسقط على بعد نحو 30 كيلومترا عنه.
وكان مراسل لرويترز على بعد حوالي 90 كيلومترا شمالي ديمونة قد سمع صوت انفجار قبل دقائق من تغريدة للجيش قال فيها إن صافرات الإنذار انطلقت في المنطقة.
وتشير وسائل الإعلام الإسرائيلية منذ أسابيع إلى تعزيز الدفاعات الجوية حول مفاعل ديمونة وميناء إيلات المطل على البحر الأحمر تحسبا لهجوم محتمل بصاروخ بعيد المدى أو بطائرة مسيرة تشنه قوى تدعمها إيران وقد ينطلق من مسافات تصل إلى اليمن.
ويحتدم التوتر بين إسرائيل وإيران بسبب برنامج طهران النووي وتصاعد الهجمات التخريبية في الآونة الأخيرة حيث يتبادل الطرفان الاتهامات بالمسؤولية عنها.
وقالت إذاعة جيش الاحتلال الإسرائيلي إن "الحديث عن حدث آخر ليس له علاقة بغزة".